നഗരത്തിലെ ഒരൊഴിഞ്ഞമൂലയില്‍ പുറംലോകവുമായി ബന്ധമൊ ന്നുമില്ലാതെ ജീവിക്കുന്ന റിട്ട. ഐ.എ.എസ്. ഉദ്യോഗസ്ഥന്‍ കരുണാക രമേനോന്‍, ആദ്യഭാര്യയുടെ മരണശേഷം സ്വന്തം സഹോദരന്റെ ഭാര്യാപദം അലങ്കരിക്കുന്ന ദേവി, നഗരത്തില്‍ വേശ്യാലയം നടത്തി ജീവിക്കുന്ന തങ്ങള്‍, തങ്ങളുടെ പിടിയില്‍നിന്ന് രക്ഷപ്പെട്ട് സ്വതന്ത്ര യായി വേശ്യാവൃത്തിനടത്തുന്ന ക്ലാര,തങ്ങളില്‍നിന്നകന്ന് സ്വന്ത മായി ബിസിനസ്സുനടത്തി ഒടുവില്‍ കഴുമരമേറുന്ന ആന്റപ്പന്‍, മദ്യപാ നത്തിലും വ്യഭിചാരത്തിലുമായി സര്‍വ്വവും നശിപ്പിച്ച് പാപ്പരായ ജയകൃഷ്ണന്‍ — സമൂഹത്തിലെ അഴുക്കുചാലുകളില്‍ ജീവിക്കുന്ന ഏതാനും കഥാപാത്രങ്ങളിലൂടെ സമകാലികജീവിതത്തിന്റെ ഉള്‍വ ശങ്ങള്‍ കാട്ടിത്തരുന്ന മറ്റൊരു പത്മരാജന്‍ക്ലാസിക്.

ഭൂത-വര്‍ത്തമാനങ്ങള്‍ ഒരേ ആഖ്യാനപ്രവാഹത്തില്‍ ഇണക്കി ആഖ്യാനകാലത്തെ വിച്ഛിന്നമാക്കുകയാണ് വേരുകളില്‍ മലയാറ്റൂര്‍. വേരുകള്‍ ഭൂതകാലവും ഓര്‍മ്മയുമാണ്.

രഘുവിന്റെ ഓര്‍മ്മകള്‍ ഭൂതകാലത്തേക്കു നീങ്ങുന്നു. ഗ്രാമത്തിലെ വീടും പറമ്പും വില്‍ക്കാന്‍ തീരുമാനിക്കുമ്പോള്‍ അയാള്‍ അനുഭവിക്കുന്ന സംഘര്‍ഷമാണ് വേരുകളില്‍ നോവലിസ്റ്റ് ആവിഷ്‌കരിക്കുന്ന പ്രധാന പ്രശ്‌നം. പൈതൃകമാണ് ഇവിടെ ഭൂതകാലം.

വേരുകള്‍ മനുഷ്യനും മരണത്തിനുമിടയിലാണെന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞുകൊണ്ടാണ് വീടും പറമ്പും വില്ക്കണ്ട എന്ന് രഘു തീരുമാനിക്കുന്നത്.